Hướng dẫn Khấu trừ Thuế GTGT đầu vào khi Thanh toán Chậm - Theo Công văn 5487/CT-CS

Ngày đăng - 28/11/2025

Hướng dẫn Khấu trừ Thuế GTGT đầu vào khi Thanh toán Chậm - Theo Công văn 5487/CT-CS

Doanh nghiệp thanh toán quá hạn hợp đồng có bị mất thuế GTGT đầu vào? Cập nhật ngay hướng dẫn tháo gỡ tại Công văn 5487/CT-CS ngày 25/11/2025: Được phép khấu trừ lại khi thanh toán.

Vấn đề khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi thanh toán chậm luôn là nỗi lo của nhiều doanh nghiệp, đặc biệt trước các quy định mới của Luật Thuế GTGT 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Tuy nhiên, với Công văn số 5487/CT-CS ban hành ngày 25/11/2025, Cơ quan thuế đã có hướng dẫn chính thức theo hướng gỡ khó cho doanh nghiệp. 

Trước đây, nhiều quan điểm của Cơ quan thuế địa phương cho rằng nếu quá hạn hợp đồng mà chưa thanh toán, doanh nghiệp sẽ mất vĩnh viễn quyền khấu trừ. Điều này gây áp lực lớn lên dòng tiền của doanh nghiệp.

Điểm mới tại Công văn 5487/CT-CS: Được phép khấu trừ lại

Theo hướng dẫn mới nhất, cơ chế xử lý thuế GTGT đối với hàng hóa mua trả chậm được thực hiện linh hoạt qua 2 bước:

  • Bước 1: Điều chỉnh giảm khi quá hạn

Khi đến thời hạn thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng mà doanh nghiệp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: Doanh nghiệp bắt buộc phải kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ trước đó.

  • Bước 2: Kê khai tăng khi thực thanh toán

Khi doanh nghiệp thực hiện thanh toán qua ngân hàng (sau thời hạn hợp đồng), doanh nghiệp được phép kê khai khấu trừ lại số thuế GTGT tương ứng với số tiền đã trả.

Bảng so sánh quy định Cũ và Mới

Nội dung

Quan điểm rủi ro trước đây (Tháng 9-10/2025)

Hướng dẫn mới nhất (Công văn 5487 - 11/2025)

Xử lý khi quá hạn hợp đồng

Phải điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào.

Phải điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào.

Xử lý khi trả tiền sau đó

KHÔNG được khấu trừ lại (Mất vĩnh viễn).

ĐƯỢC kê khai khấu trừ lại vào kỳ trả tiền.

Tác động

Rủi ro mất tiền thuế, tăng chi phí.

Chỉ ảnh hưởng dòng tiền tạm thời, không mất thuế.

Doanh nghiệp cần làm gì để bảo vệ quyền lợi?

Để đảm bảo tính tuân thủ và tối ưu chi phí thuế, Baker Tilly A&C xin khuyến nghị:

  • Rà soát hợp đồng: Theo dõi sát sao thời hạn thanh toán.
  • Ký phụ lục gia hạn: Nếu có thể, hãy thương thảo ký phụ lục gia hạn nợ trước khi đến hạn để tránh thủ tục điều chỉnh giảm - tăng phức tạp.
  • Lưu trữ hồ sơ thanh toán: ủy nhiệm chi/chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định để làm căn cứ kê khai lại.

Quy định mới tại Công văn 5487/CT-CS là một tín hiệu tích cực. Doanh nghiệp không còn lo bị "mất trắng" thuế GTGT khi gặp khó khăn về dòng tiền dẫn đến trả chậm.

Thông tin liên hệ

  • Ông Nguyễn Bảo Anh - Phó Tổng Giám đốc phụ trách dịch vụ Thuế, Transfer pricing & Outsourcings.

    Email: anh.nb@a-c.com.vn