NGHỊ ĐỊNH 359/2025/NĐ-CP: BÃI BỎ RÀNG BUỘC TRÁCH NHIỆM NGƯỜI BÁN TRONG HOÀN THUẾ & CƠ CHẾ GTGT CHO HÀNG NÔNG SẢN

Ngày 31/12/2025, Chính phủ ban hành Nghị định 359/2025/NĐ-CP (sau đây gọi là Nghị định 359) sửa đổi Nghị định 181/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ 01/01/2026. Điểm nhấn quan trọng của Nghị định là việc chính thức bãi bỏ quy định ràng buộc quyền lợi hoàn thuế GTGT của người mua vào nghĩa vụ thuế của người bán, đồng thời điều chỉnh chính sách thuế GTGT đối với hàng nông sản.

Dưới đây là tổng hợp và phân tích các điểm quan trọng doanh nghiệp cần lưu ý:

1. Phân định rõ cơ chế thuế GTGT khâu kinh doanh thương mại hàng nông sản

Nghị định 359 bổ sung khoản 1b vào sau khoản 1 Điều 4 Nghị định 181, làm rõ cơ chế thuế đối với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường. Chính sách thuế được phân loại dựa trên đối tượng mua hàng:

• Doanh nghiệp, HTX nộp thuế theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm cho doanh nghiệp, HTX khác ở khâu kinh doanh thương mại: Không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT; đồng thời, vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Trường hợp Bán cho các đối tượng khác (hộ, cá nhân kinh doanh, người tiêu dùng...): Phải tính thuế GTGT theo mức thuế suất 5%.
• Đối với Hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp nộp thuế trực tiếp: Khi bán các sản phẩm này ở khâu kinh doanh thương mại, tỷ lệ thuế GTGT phải nộp là 1% trên doanh thu.

2. Điều chỉnh cơ chế Hoàn thuế GTGT: Bãi bỏ điều kiện "Người bán nợ thuế - Người mua dừng hoàn"

Trước đây, Khoản 3 Điều 37 Nghị định 181 yêu cầu người mua phải chịu trách nhiệm liên đới nếu người bán chưa nộp tờ khai hoặc còn nợ thuế GTGT (dừng hoàn thuế đối với các hóa đơn liên quan). Việc bãi bỏ quy định này mang lại ý nghĩa lớn:

• Cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế không còn chịu rủi ro bị dừng hoàn thuế do lỗi của phía nhà cung cấp.
• Cơ quan quản lý chuyển dịch từ cơ chế "tiền kiểm chéo tuyệt đối" sang cơ chế thông thoáng hơn, tách biệt trách nhiệm pháp lý giữa người mua và người bán.
• Giúp tránh ách tắc dòng tiền cho các doanh nghiệp làm ăn chân chính.

Đặc biệt về quy định chuyển tiếp: Để đảm bảo quyền lợi cho doanh nghiệp, đối với các hồ sơ hoàn thuế đã nộp và được tiếp nhận trước ngày 01/01/2026 nhưng chưa có Quyết định hoàn thuế, Cơ sở kinh doanh không phải đáp ứng điều kiện "người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT" đối với hóa đơn đầu vào liên quan. Quy định này giúp tháo gỡ điểm nghẽn cho các hồ sơ đang bị ách tắc, giúp doanh nghiệp sớm được giải ngân tiền hoàn thuế GTGT.

KHUYẾN NGHỊ CỦA BAKER TILLY A&C

Với các quy định mới tại Nghị định 359, chúng tôi khuyến nghị Quý doanh nghiệp:

1. Phân loại khách hàng trên hệ thống: Rà soát và cài đặt lại phần mềm hóa đơn điện tử để tách biệt dòng thuế suất (Không kê khai nộp thuế và thuế suất 5%) tùy thuộc vào đối tượng khách hàng.
2. Rà soát hồ sơ hoàn thuế GTGT: Đối với các doanh nghiệp có hồ sơ hoàn thuế đang "vướng mắc” về người bán, cần làm việc ngay với cán bộ thuế quản lý để đề nghị tiếp tục giải quyết hồ sơ theo quy định mới.
3. Quản trị rủi ro nhà cung cấp: Dù điều kiện hoàn thuế GTGT đã mở, doanh nghiệp vẫn cần duy trì quy trình đánh giá nhà cung cấp để giảm thiểu rủi ro bị kiểm tra thuế sau này.

Vui lòng liên hệ Baker Tilly A&C để có thông tin cập nhật nhất và được tư vấn cụ thể.

♦ Liên hệ tư vấn:

• Ông Nguyễn Bảo Anh – Phó Tổng Giám đốc phụ trách dịch vụ Thuế, Transfer Pricing & Outsourcing

         Email: anh.nb@a-c.com.vn

• Bà Nguyễn Thị Thu Thảo – Chủ nhiệm cao cấp dịch vụ Thuế và Kế toán.

         Email: thao.ntt@a-c.com.vn