Căn cứ khoản 1 Điều 14 thông tư 219/2013/TT-BTC:

“Trường hợp cơ sở kinh doanh có các chuyên gia nước ngoài sang Việt Nam công tác, giữ các chức vụ quản lý tại Việt Nam, hưởng lương tại Việt Nam theo hợp đồng lao động ký với cơ sở kinh doanh tại Việt Nam thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài này.

Trường hợp các chuyên gia nước ngoài vẫn là nhân viên của doanh nghiệp ở nước ngoài, chịu sự điều động của doanh nghiệp ở nước ngoài, được doanh nghiệp ở nước ngoài trả lương và hưởng các chế độ của doanh nghiệp ở nước ngoài trong thời gian sang Việt Nam công tác, giữa doanh nghiệp ở nước ngoài và cơ sở kinh doanh tại Việt Nam có hợp đồng bằng văn bản nêu rõ doanh nghiệp tại Việt Nam phải chịu các chi phí về chỗ ở cho các chuyên gia nước ngoài trong thời gian công tác ở Việt Nam thì thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà cho các chuyên gia nước ngoài làm việc tại Việt Nam do cơ sở kinh doanh tại Việt Nam chi trả được khấu trừ.”

Thuế GTGT của khoản tiền thuê nhà trong trường hợp này không thuộc các hướng dẫn theo quy định nêu trên do đó rủi ro không được khấu trừ thuế GTGT trong trường hợp này. Nếu Công ty nước ngoài trả lương cho các chuyên gia này thì thuế GTGT sẽ được khấu trừ.

Hợp đồng quy định chuyên gia nước ngoài sang làm việc tại Việt Nam mà bên Việt Nam phải chi trả tiền lương thì rủi ro là chi phí tiền lương này không được trừ do không có hợp đồng lao động ký kết giữa bên Việt Nam và chuyên gia. DN gặp rủi ro trong  hợp đồng nhà thầu này và để ghi nhận chi phí được trừ thì trong hợp đồng nhà thầu nên có mức phí dịch vụ đã bao gồm  lương của chuyên gia và nhà thầu nước ngoài nên trả tiền lương cho chuyên gia.

Về thuế nhà thầu:

Căn cứ điều 7 thông tư 103/2014/TT-BTC quy định:

“Điều 7. Thu nhập chịu thuế TNDN

1. Thu nhập chịu thuế TNDN của Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài là thu nhập phát sinh từ hoạt động cung cấp, phân phối hàng hóa; cung cấp dịch vụ, dịch vụ gắn với hàng hóa tại Việt Nam trên cơ sở hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ (trừ trường hợp quy định tại Điều 2 Chương I).

3. Thu nhập phát sinh tại Việt Nam của Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài là các khoản thu nhập nhận được dưới bất kỳ hình thức nào trên cơ sở hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ (trừ trường hợp quy định tại Điều 2 Chương I), không phụ thuộc vào địa điểm tiến hành hoạt động kinh doanh của Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài. Thu nhập chịu thuế của Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài trong một số trường hợp cụ thể như sau:

….

- Các khoản thu nhập khác theo quy định của pháp luật.”

Như vậy khoản tiền lương, tiền ăn ở của công ty trả thay cho DN nước ngoài thuộc đối tượng chịu thuế nhà thầu theo quy định.

Ngoài ra, khi chuyên gia sang làm việc tại Việt Nam phải chịu thuế TNCN trong thời gian làm việc tại Việt Nam. Tùy theo trường hợp là cá nhân cư trú/ không cư trú mà tính thuế TNCN phù hợp.